Guest
Действие игры происходит между событиями Ninja Gaiden и Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos. Агент ЦРУ Ирен Лью погибает на задании. Рю несправедливо обвиняют в убийстве. Расследование приводит его в лабораторию, которую исследовала Ирен. В лаборатории Рю встречает незнакомца, который отправляет Рю в крепость Castle Rock. У крепости Рю встречает начальника Ирен Фостера. На распросы об Ирен он отвечает: «Я не знаю, о чём Вы говорите». Продолжая путь, Рю встречает и сражается со своим клоном. Клон сообщает, что это он убил Ирен, после чего уходит. Рю идет дальше и встречает незнакомца, с которым он столкнулся в лаборатории. Незнакомца зовут Клэнси. Он работал вместе с Фостером над программой «Biohazard». Кленси рассказывает, что после смерти демона на развалинах крепости появился межпространственный разлом. Из него поступает неограниченная жизненная энергия. Фостер восстановил крепость и с помощью жизненной энергии создал существ — био-ноидов. Фостер управляет ими, поэтому Клэнси просит Рю остановить Фостера. В крепости Рю встречает Фостера вместе с клоном. Фостер хочет использовать тело Рю для получения секрета клана Дракона и создать совершенного био-ноида. Появляется живая Ирен, которая тайно вместе с армией противодействовала плану Фостера. Клон превращается в био-ноида. Ирен стреляет в клона, но это не даёт никакого эффекта. Тогда Рю сражается с био-ноидом и побеждает. Из межпространственного разлома появляется Клэнси. Он использовал Фостера, Рю и Ирен, чтобы заполучить крепость и жизненную энергию. Фостер следует в разлом за Клэнси, но энергия разрывает его на части. Рю входит в разлом и встречает там, воскрешенного и превращеного в суперсущество, Фостера. Победив Фостера, Рю находит Клэнси и узнает что крепость это гигантский боевой корабль. Клэнси планирует создать новый мир, а крепость будет источником новой жизни. Корабль взлетает и стреляет мощным энергетическим оружием. Рю выбрасывают наружу корабля, но он пробирается обратно внутрь и находит Клэнси. Он превратился в бионойда и предлагает Рю вместе уничтожить человеческую расу и создать новый мир. Рю отказывается и начинается финальная битва. Клэнси два раза эволюционирует в более мощных монстров, но Рю все равно побеждает. Рю попадает на землю к Ирен, а корабль падает и взрывается. Крепость разрушается. Рю и Ирен стоят на вершине скалы и смотрят на восходящее солнце.
