Guest
В первых четырёх эпизодах сюжет подаётся в идентичном с первым сезоном форматом, но с каждой серией постепенно взрослеет, становится серьёзнее. Начиная с эпизода «Раскрашенные окна» повествование обретает строгую хронологическую последовательность. Здесь впервые появляется игровой модуль Андреа, полюбившая Энзо настолько что покинула игру вместе с ним. Между тем у Хексадесимал, по вине ТВ-Майка, приставленного Бобом забавлять её, разбивается всевидящее зеркальце, из трещины которого в Мейнфрейм проникает существо класса М («спрут»), которое вселяется в Хексу и подчиняет её своей воле. Героям удаётся освободить её, но вскоре спрут вселяется в Мегабайта и соединяется с ним и Хексой в Гигабайта. Боб разделяет его на три исходные части обратно, но вскоре спрут разрастается и начинает похищать жителей Мейнфрейма, в том числе и Дот. Мышь, на которую падают подозрения в этих исчезновениях, работая на стражей, сама начинает поиски похищенных и спрута, и вскоре находит Дот и других похищенных. Стражи, без ведома Мыши, решают уничтожить спрута, вживив в коммуникатор Мыши бомбу, способную уничтожить весь Мейнфрейм. Боб хватает бомбу и пускает её взорваться в небе. В результате над городом образуется разрыв, в который тут же устремляется спрут и, слившись с ним, создаёт портал в Паутину. Дабы победить спрута, Мейнфрейм мобилизируется и вынужденно заключает союз с Мегабайтом и Хексой. В конце битвы Мегабайт, как Мышь и опасалась, вероломно предаёт героев, хватает Боба, ломает Глитч, и отправляет его в ракете-капсуле в портал спрута, в результате чего Боб оказывается в Паутине за пределами Мейнфрейма. По приказу Мегабайта его армия тут же принимается добивать остатки армии Мейнфрейма, а Дот и Мышь возвращаются в Центральную систему и извещают остальных об случившемся. Энзо, которого в битве Боб успел произвести в стража-курсанта, закрепляет сломанный Глитч на запястье, провозглашает себя преемником Боба и новым стражем Мейнфрейма. И даёт вирусам понять, что будет бороться с ними до последнего.
